自“十二五”以來，九院學科建設水平不斷發(fā)展?，F(xiàn)醫(yī)院現(xiàn)擁有3個上海市臨床醫(yī)學中心（口腔臨床、整復外科、關(guān)節(jié)外科）和2個上海市臨床醫(yī)療質(zhì)量控制中心（口腔醫(yī)學、醫(yī)學美容）。口腔臨床醫(yī)學、整復外科與組織工程學、外科學（骨科）現(xiàn)為國家重點學科，心血管內(nèi)科為國家重點學科組員單位（牽頭單位瑞金醫(yī)院）；口腔基礎醫(yī)學現(xiàn)為國家重點培育學科。骨科、口腔頜面外科、牙體牙髓科、牙周科、口腔修復科、眼科、整復外科、口腔正畸科、口腔黏膜科、耳鼻咽喉-頭頸外科為國家臨床重點專科?？谇会t(yī)學、整復外科學、骨科學為教育部“十二五”“211工程”重點建設學科?？谇火つげ】屏袨閲抑嗅t(yī)藥管理局重點專科。九院目前還是英國愛丁堡皇家外科學院頭頸與腫瘤培訓中心單位、口腔頜面外科醫(yī)師協(xié)會（IAOMS）口腔腫瘤外科與修復重建培訓中心單位和口腔頜面外科內(nèi)固定學會（AOCMF）顱頜面分會培訓中心單位。